阿里云弹性高性能计算E-HPC创建作业

弹性高性能计算E-HPC是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的高性能计算服务。本文以运行水分子算例为大家介绍一下阿里云如何快速创建作业。

　　前提条件

已在集群中创建用户。

　　操作步骤

1、登录弹性高性能计算控制台。

2、在顶部菜单栏左上角处，选择地域。

3、在集群页面，找到gromacs-test集群，单击远程连接。

4、在远程连接页面，输入gmx.test的用户名、密码和节点端口，单击ssh连接。

5、下载并解压算例。

cd /home/gmx.test;
wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz;
tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz;
chown -R gmx.test water-cut1.0_GMX50_bare;
chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare

6、在集群页面，找到gromacs-test集群，单击作业。

7、在作业页面，单击提交作业。

8、在提交作业区域，将作业提交模板设置为pbs demo。

9、完成作业相关配置，单击提交作业。

#!/bin/sh
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4
#PBS -q workq

export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/   #module命令依赖的环境变量
module load gromacs-gpu/2018.1
module load openmpi/3.0.0
module load cuda-toolkit/9.0
export OMP_NUM_THREADS=1

cd /home/gmx.test/water-cut1.0_GMX50_bare/0096
/opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr   #前处理过程，生成tpr格式输入文件

mpirun -np 4 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000 -pin on -s topol_pme.tpr   #-ntomp指定每个进程开启的OpenMP线程数，-nsteps指定模拟迭代步数